Ein kleiner Junge sitzt spätabends allein im Bus, außer einem kleinen Koffer hat er nichts bei sich. Kurze Zeit später bleibt der Busfahrer stehen und teilt ihm mit, dass er am Ziel angekommen sei. Allerdings wird er bereits erwartet: Von seinem schrulligen Onkel Jonathan (Jack Black), der sich anders als in Harry Potter allerdings sehr über die Ankunft des jungen Gastes zu freuen scheint. Warum der Onkel im vermeintlichen Abendkleid auftaucht, wird an späterer Stelle zu klären sein.
Der kleine Junge aus dem Bus ist der zehnjährige Waise Lewis (Owen Vaccaro), der im verschlafenen Städtchen New Zebeedee in Michigan im Haus seines Onkels Unterschlupf findet. Einem sehr seltsamen Haus, darin befinden sich nämlich unzählige Uhren verschiedenster Arten und allerlei anderer seltsamer Kram. Andererseits ist das auch kein Wunder, schließlich ist Onkel Jonathan ein waschechter und stolzer Hexenmeister. Sein Haus ist sein ganz eigener magischer Tempel und durch seine Zaubergewänder (die nur allzu leicht mit einem Abendkleid zu verwechseln sind) verkörpert er seine Passion auch nach außen hin – kein Wunder, dass er als der schrägste Vogel der ganzen Nachbarschaft gilt.
Zumindest steht eine Frau immer hinter ihm: Seine Nachbarin, engste Freundin und verbale Sparringspartnerin Florence Zimmerman (Cate Blanchett). Florence verfügt ebenfalls über magische Kräfte, seit ihr aber eine schreckliche Tragödie widerfahren ist, spielen ihre Fähigkeiten verrückt. Trost bietet ihr nur die Flucht in einer Welt der Farben, repräsentiert durch ihre komplett violette Inneneinrichtung oder ihre perfekt abgestimmte, lilane Garderobe.
Lewis fühlt sich wohl mit Jonathan und Florence und beginnt damit, selbst magische Kräfte zu entdecken. Doch das schöne neue Leben nimmt ein jähes Ende, denn der frühere Besitzer des Hauses, der böse Hexenmeister Isaac Izard (Kyle MacLachlan), hat tief in den Gemäuern des alten Hauses eine mysteriöse Uhr versteckt, deren Ticken unaufhörlich zu hören ist, die aber dennoch bislang nicht gefunden werden konnte. Als Lewis entschlossen versucht, das sonderbare Mysterium zu lösen und dem Ticken ein Ende zu bereiten, erweckt er versehentlich den Geist einer mächtigen Hexe, die durch die korrekte Justierung der magischen Uhr das Ende der Welt heraufbeschwören will. Lewis bleibt keine Wahl: Er muss im größten Abenteuer seines Lebens über sich hinauswachsen und die bedrohliche schwarze Magie aufhalten…