Die Geschichte beginnt im II. Weltkrieg. Der junge Erik Lehnsherr ist ein Mutant und besitzt Magnetkräfte, die er nicht kontrollieren kann. Das entdecken die Nazis, töten seine Eltern und der Wissenschaftler Sebastian Shaw (Kevin Bacon, Death Sentence) macht Erik zu seiner Laborrate. Knapp zwanzig Jahre später gelingt Erik (Michael Fassbender, Inglorious Basterds) die Flucht und er hat nur einen Gedanken: Rache! Irgendwann kreuzen sich seine Wege mit Charles Xavier (James McAvoy, Wanted), einem Telepathen.
Der Engländer stellt für die CIA eine schlagkräftige Mutantentruppe zusammen, denn die Kuba-Krise bringt die Welt an den Rand eines Atomkriegs. Schnell entdecken Erik und Charles, dass sie den gleichen Feind haben: Sebastian Shaw. Der irre Wissenschaftler hat sich über die Jahre erstaunlich gut gehalten und eigene Superkräfte entwickelt mit denen er nun den Weltuntergang plant. Die erste Entscheidungsschlacht der X-Men steht unmittelbar bevor.
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